След смъртта на патриарх Максим се разбра за задаващ се нов разкол в църквата. В деня на погребението му стана известно, че алтернативният синод на Инокентий отново е поискал да бъде регистриран.
През август са подадени документи за нова регистрация на синода в Софийския градски съд и в Дирекцията по вероизповеданията, уточни пред "Дневник" богословът Христо Латинов, който се представя като експерт в синдиката "Подкрепа". По неговите думи разколът в църквата не е приключвал.
Той съобщи и за среща на 160 свещеници вчера, които се събрали в София, за да обсъдят последните събития в Светия синод след смъртта на патриарх Максим.
От дирекцията по вероизповеданията днес казаха пред "Дневник", че нямат такава информация за подадени документи за нов синод. Заради сигнал за бомба пък са затворени всички съдилища в София.
Новото искане е на база решението на Европейския съд за правата на човека в Страсбург от 2009 г., което фактически признава правото на алтернативния синод.
През 2002 г. Инокентий подаде жалба до Европейския съд по правата на човека в Страсбург срещу това, че три последователни правителства - на Жан Виденов, на Иван Костов и на Симеон Сакскобургготски, са отказали да регистрират законно алтернативния синод. В началото на 2009 г. европейският съд реши, че страната ни е нарушила правото на вероизповедание съгласно европейската конвенция за правата на човека и даде три месеца на Инокентий и държавата да се разберат.
Искът на алтернативния синод е за близо 700 милиона евро. Делото е за намеса на държавата в започналия след 1989 г. вътрешноцърковен конфликт, когато група духовници оспориха легитимността на патриарх Максим. Оспорват се и текстовете от Закона за вероизповеданията, с които статутът на Българската православна църква (БПЦ), ръководена от патриарх Максим, се приема, без да е необходима регистрация, задължителна за останалите вероизповедания. Молбата за регистрация на синода на Инокентий беше отхвърлена, а църковните ръководства, които подкрепяха алтернативния синод, бяха уволнени. Прокуратурата съдейства на БПЦ да си върне църкви, манастири и имоти, за които се твърдеше, че са незаконно окупирани от хората на Инокентий.
В края на 2009г. голямата камара на Европейския съд за правата на човека в Страсбург отхвърля молбата на правителството на Сергей Станишев да преразгледа делото, по което България беше осъдена. В тримесечният срок, който магистратите дадоха на страните за споразумение, президентът Георги Първанов поиска помощ от руския партиарх Кирил, а
патриарх Максим свика в София на среща представителите на 12 православни църкви, които призоваха държавата да обжалва и допълниха, че за тях въпросът е много важен, тъй като може да създаде прецедент.